設立分公司應向分公司所在地的市、縣公司登記機關申請登記;
(1)公司的登記事項包括：名稱、營業場所、負責人、經營范圍。并且分公司的名稱應符合國家有關規定，分公司的經營范圍不得超出公司的經營范圍;
(2)應當自決定作出之日起30日內向公司登記機關申請登記，法律、行政法規規定必須報經有關部門審批的，應當自批準之日起30日內向公司登記機關申請登記;
(3)登記應提交下列文件：首先，公司法定代表人簽署的設立分公司的登記申請書。其次，公司章程以及由公司的公司登記機關加蓋印章的《企業法人營業執照》復印件。另外，營業場所使用證明。最后，公司登記機關要求提交的其他文件。分公司不具有法人資格，其資產不能承擔責任時最終應總公司來承擔。
根據公司登記管理條例第四十八條公司設立分公司的，應當自決定作出之日起30日內向分公司所在地的公司登記機關申請登記;法律、行政法規或者國務院決定規定必須報經有關部門批準的，應當自批準之日起30日內向公司登記機關申請登記。
設立分公司，應當向公司登記機關提交下列文件：
(1)公司法定代表人簽署的設立分公司的登記申請書;
(2)公司章程以及加蓋公司印章的《企業法人營業執照》復印件;
(3)營業場所使用證明;
(4)分公司負責人任職文件和身份證明;
(5)國家工商行政管理總局規定要求提交的其他文件。法律、行政法規或者國務院決定規定設立分公司必須報經批準，或者分公司經營范圍中屬于法律、行政法規或者國務院決定規定在登記前須經批準的項目的，還應當提交有關批準文件。
設立分公司的具體流程：
(1)公司法定代表人簽署的《分公司設立登記申請書》(公司加蓋公章)。
(2)公司簽署的《指定代表或者共同委托代理人的證明》(公司加蓋公章)及指定代表或委托代理人的身份證復印件(本人簽字)。應標明具體委托事項、被委托人的權限、委托期限。
(3)公司章程(由公司法定代表人簽署)。
(4)公司營業執照副本的復印件。
(5)分公司營業場所使用證明。自有房產提交產權證復印件;租賃房屋提交租賃協議復印件以及出租方的房產證復印件;無償使用的，提交產權人允許使用的證明原件及產權人的產權證復印件;未取得房產證的，提交房地產管理部門的證明或者購房合同及房屋銷售許可證復印件;出租方為賓館、飯店的，提交賓館、飯店的營業執照復印件。
(6)公司出具的分公司負責人的任職文件及身份證明復印件。
(7)分公司申請登記的經營范圍中有法律、行政法規和國務院決定規定必須在登記前報經批準的項目，提交有關的批準文件或者許可證書復印件或許可證明;分公司的經營范圍不得超出公司的經營范圍。
(8)法律、行政法規和國務院決定規定設立分公司必須報經批準的，提交有關的批準文件或者許可證書復印件。
根據《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》(國稅發〔2008〕28號)規定：企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。即企業總機構統一計算包括企業所屬各個不具有法人資格的營業機構、場所在內的全部應納稅所得額、應納稅額。但總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。在每個納稅期間，總機構、分支機構應分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。等年度終了后，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。這樣，就為分支機構合理節稅提供了政策依據和保障。
當企業設立分支機構時，由于設立初期分支機構面臨高昂的成本支出，所以虧損的概率較高，通常采用分公司的形式較為合適，可以享受和總部收益盈虧互抵的好處。經過兩三年的經營期間，分公司開始轉虧為盈時，再把分公司變更注冊為子公司，這樣可以降低分支機構對總機構的法律影響。
《公司法》第十四條規定：“子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任;分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。”企業設立分支機構，使其不具有法人資格，且不實行獨立核算，則可由總公司匯總繳納企業所得稅。這樣可以實現總公司調節盈虧，合理減輕企業所得稅的負擔。當然，在設置分支機構時有三個因素應當綜合考慮：
首先是分支機構的盈虧情況，當總公司盈利，新設置的分支機構可能出現虧損時，應當選擇總分公司模式。根據稅法規定，分公司是非獨立納稅人，其虧損可以由總公司的利潤彌補;如果設立子公司，子公司是獨立納稅人，其虧損只能由以后年度實現的利潤彌補，且總公司不能彌補子公司的虧損，也不得沖減對子公司投資的投資成本。
當總機構虧損，新設置的分支機構可能盈利時，應當選擇母子公司模式;子公司不需要承擔母公司的虧損，可以自我積累資金求得發展，總公司可以把其效益好的資產轉移給子公司，把不良資產處理掉。
其次是享受稅收優惠的情況，按照稅法規定，當總機構享受稅收優惠而分支機構不享受優惠時，可以選擇總分公司模式，使分支機構也享受稅收優惠待遇。如果分公司所在地有稅收優惠政策，則當分公司開始盈利后，可以變更注冊分公司為子公司，享受當地的稅收優惠政策，這樣會收到較好的納稅效果。
再次是分支機構的利潤分配形式及風險責任問題，分支機構由于不具有獨立法人資格，所以不利于進行獨立的利潤分配。同時，分支機構如果有風險及相關法律責任，可能會牽連到總公司，而子公司則沒有這種擔憂。
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