費用拖欠: 委托公司可能因為資金周轉問題而拖欠代理記賬費用。代理記賬公司通常不掌握委托公司的實質性擔保，因此在追討欠款時缺乏有效手段。

服務質量爭議: 如果代理記賬公司提供的服務未能達到委托公司的預期，比如記賬錯誤、漏報稅項等，可能會引起糾紛。

保密協議: 代理記賬公司需要接觸委托公司的敏感財務信息，如果未能妥善保管這些信息，或者未經授權擅自披露，可能會導致糾紛。

責任歸屬: 當代理記賬出現錯誤時，雙方可能就責任歸屬產生分歧。例如，由于委托公司的指示導致錯誤，或是代理記賬公司的專業疏忽造成的錯漏。

地區差異: 經濟發達地區的代理記賬費用可能更高。

計費形式: 有的公司按月收費，有的按年計費。

納稅規模: 不同規模的企業代理記賬費用不同。

開票情況: 發票數量多可能導致費用增高。

簽訂正式合同: 雙方應在委托之初就簽訂正式、明確的合同，規定服務范圍、費用、付款方式、保密條款等內容。

明確責任義務: 合同中應明確雙方的責任和義務，以便在發生糾紛時能夠有據可依。

規范服務流程: 代理記賬公司應建立嚴格的服務流程，確保服務質量，并對可能出現的問題制定預案。

定期溝通與監督: 委托公司應定期與代理記賬公司進行溝通，監督其服務過程，及時發現并解決問題。

協商與調解: 當出現糾紛時，以減少司法介入的成本和復雜性。

法律途徑: 如果上述方法無效，可以通過法律途徑，如仲裁或訴訟，來解決糾紛。