確認代理記賬公司的資質：確保代理記賬公司具備合法的資質，這是處理糾紛的前提。您可以要求公司提供相關證明，例如由財政局頒發的代理記賬許可證書。

審查合同：檢查您與代理記賬公司之間簽署的合同是否正式和明確。如果合同中有不明確或違法的事項，可能會引起糾紛。依據《民法典》，在代理行為違法的情況下，被代理人和代理人可能需要承擔連帶責任。

協商解決：如果糾紛源于合同不明確或違約，這可能涉及明確合同條款或要求賠償損失。

法律途徑：如果協商未能解決問題，可以考慮通過法律途徑解決。這可能包括起訴或申請仲裁。在這個過程中，收集證據和保護自己的合法權益至關重要。

選擇合適的解決方式：根據具體情況，可以選擇協商、調解、仲裁或訴訟等方式來解決糾紛。每種方式都有其特點和適用情況，選擇最適合的方式有助于高效且公正地解決問題。

保存證據：在處理糾紛的過程中，保存所有相關的書面文件、通信記錄和其他證據是非常重要的。這些證據可能包括合同、發票、賬單、郵件、短信等。

尋求專業幫助：由于處理這類糾紛可能涉及到復雜的法律問題，因此尋求專業法律顧問的幫助是非常重要的。他們可以提供專業的法律意見，并幫助您更好地維護自己的權益。