行政處罰：根據《代理記賬管理辦法》，違反該辦法的代理記賬機構可能會受到縣級以上人民政府財政部門的行政處罰，包括但不限于警告、罰款、將違規機構及其負責人列入重點關注名單，并向社會公示。

違法記錄和聯合懲戒：如果代理記賬機構或其從業人員違反規定出具虛假申請材料或備案材料，他們可能會被記入會計領域違法失信記錄，并根據相關規定受到聯合懲戒。

業務限制：違反代理記賬辦法可能導致機構無法正常開展業務，例如，在某些情況下，違反規定的機構可能會被要求在一定期限內整改到位，否則將面臨進一步的處罰。

民事責任：如果違反代理記賬辦法的行為造成了委托人的損失，代理記賬機構可能需要承擔相應的民事賠償責任。

刑事責任：在某些極端情況下，如果違反代理記賬辦法涉及刑事犯罪，如財務欺詐等，相關責任人可能會被移送司法機關處理。