自然人獨資公司轉讓稅務處理

自然人獨資公司轉讓股權的稅務處理主要包括以下幾個方面：

印花稅

根據《印花稅法》，股權轉讓按照股權轉讓書據所列的金額確定印花稅，稅率為價款的萬分之五。股權轉讓的轉讓方與受讓方均為納稅義務人，都應按“股權轉移書據”繳納印花稅。在書立股權轉讓合同時，由轉讓方與受讓方貼花申報。

個人所得稅

根據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法》，以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用后的余額為應納稅所得額，按“財產轉讓所得”20%稅率繳納個人所得稅。股權轉讓方為納稅人，受讓方為扣繳義務人，受讓方在支付全部或部分轉讓款時應履行全額個稅的代扣義務，并在支付次月的15日內申報納稅。

特別情況下的稅務處理

股權轉讓協議履行完畢的稅務處理

根據《國家稅務總局關于納稅人收回轉讓的股權征收個人所得稅問題的批復》的規定，如果股權轉讓協議已經履行，履行的標志是受讓人已經向轉讓方支付了股權轉讓款，并在當地工商部門辦理了工商變更登記手續，則當事人雙方簽訂并執行解除原股權轉讓合同、退回股權的協議，對前次轉讓行為征收的個人所得稅款不予退回。

股權轉讓計稅依據明顯偏低的稅務處理

如果股權轉讓計稅依據明顯偏低，主管稅務機關應依次按照凈資產核定法、類比法或其他合理方法核定股權轉讓收入。例如，股權轉讓收入按照每股凈資產或股權對應的凈資產份額核定，或者參照相同或類似條件下同一企業同一股東或其他股東股權轉讓收入核定。

在自然人獨資公司轉讓過程中，印花稅和個人所得稅是兩個主要的稅務處理點。同時，在特定情況下，還需要根據相關政策進行相應的稅務處理。如果有任何疑問，建議咨詢專業的稅務顧問。